2005年，我国物流尽管取得重大进展，进入理性、务实、快速发展的新阶段，但存在问题同样不容忽视，特别是一些影响物流长远发展的深层次问题有待解决，我国物流发展仍然处于初级阶段。
供需不平衡结构性矛盾依然存在社会化的物流需求不足与专业化的物流供给不够，是制约中国物流发展的主要矛盾，也是2005年中国物流发展的主要问题，并将成为今 后物流发展必须跨越的一个“门槛”。一方面，物流需求聚集和释放的速度不快，“大而全”、“小而全”的企业物流运作比例还比较大；另一方面，物流服务供给能力还不能满足需 求，特别是高端需求、即时需求、特色需求、“一体化”需求满足率不高。需求不足与供给不够并存，物流资源短缺与物流服务“过剩”同在。
还有，东、中、西部区域物流发展不平衡，资源型地区流出量与流入量差距很大；城乡物流发展不平衡，农产品物流与农资物流发展滞后；行业物流发展不平衡，部分传统产业物流模式转型不快；各物流环节发展不平衡，供应物流和生产物流的分离外包慢于销售物流；基础性服务与增值性服务发展不平衡，增值性服务所占比例仍然不大多种运输方 式衔接不够，配套不好；公路运力相对“过剩”，铁路运能依然不足；普通设施设备“过剩”，特种、专用设备不足；物流基础设施分属不同的地方、部门和行业，缺乏有效整合和充分利用。
粗放经营格局尚未根本改观国际上通常把社会物流费用占GDP比率作为衡量一个国家物流运作水平的重要指标。发达国家经过经济结构调整，推行现代物流运作模式，这项指标普遍降为10％左右。近年来，我国的这项指标虽然有所降低，但2005年仍然高达18.6％。尽管我国经济发展阶段和经济结构与这些国家差异较大，但也反映出物流运作效率方面的差距。
物流服务社会化程度低，物流企业“小、散、差”问题还比较突出。在运输市场上，大量规模小、实力弱的小企业和个体运输户从事道路运输，导致空驶和超载现象并存。在仓储方面，一些冷藏、冷冻、恒温、恒湿，以及危险化学品储存能力不足，特别是从农田到餐桌的“冷链” 没有形成。有专家估算，我国鲜活、冷冻农副产品在采摘、运输、储存 等流通环节上的损失率高达25％到30％。
物流企业信息化程度仍然不高。据中国物流信息中心调查，目前我国商业企业应用计算机系统的比例不到一半，服务业和运输业的比例更低，分别只有24.3％和18.3％。除了POS和条形码技术外，其他信息技术在物流领域的应用程度普遍较低。物流技术和物流服务规范标准大多不统一。我国集装箱运输在整个货运量中的比例只有20％，而世界平均水平则高达65％。
市场不规范现象仍很严重物流组织布局分散，物流资源和市场条块分割、地方封锁和行业垄断对资源整合和一体化运作形成体制性障碍。物流企业普遍反映，许多地方对本地企业和外地企业不能一视同仁，存在地方保护的问题；物流企业在异地设立分支机构、承揽业务和车辆通行等遇到许多困难；企业间的恶性竞争、打“价格战”；招标中的不规范、“暗箱操作”等问题也时有发生。行业“门槛”过低，企业鱼龙混杂。物流行业缺乏一定的“准入”标准，加大了潜在风险，败坏了行业形象。2005年发生了几起物流、仓储企业私卷货主货物，货运公司收取定金后“蒸发”的事件，引起了业界震动，表明行业诚信体系建设滞后。
物流的行业地位在相关经济管理部门还不明确，案件没有归属。有物流企业反映，公司因业务纠纷到法院打官司，结果“物流业”在我国法律条文中没有反映。物流企业在经济纠纷中处于被动局面，合法权益难以保护。还有许多企业反映，物流企业既不属于交通，又不属于商务，每个部门都试图管理，但归到哪里都不合适。
体制和政策环境需进一步改善2005年，全国现代物流工作部际联席会议建立并开始工作，全国政府部门间推动现代物流工作的协调机制网络基本形成，我国物流管理体制改革取得重大进展。但是，与全国物流协调发展的要求还有一定距离。
由于物流产业的复合性，与物流有关的政策分属不同部门，缺乏统一、透明的产业政策体系。2004年国家九部门《意见》下发后，各有关部门贯彻《意见》精神做了大量工作，一个有利于现代物流发展的政策环境正在形成。但是，相关政策的落实还跟不上产业发展的要求。例如，在国家一级铁路、公路、民航、水运和管道多种运输方式的规划与管理分属不同部门，各自都在搞线路和节点建设规划，缺乏有机联系。在地方，各地根据自身需要做出物流规划，缺乏有效衔接。如果国家层面的规划不能出台，将会加大资源统筹规划的难度，给全国物流协调发展带来不利影响。又如，我国物流领域的法律建设仍处于“空白”状态，涉及物流的法律法规分散在各个方面。目前不仅没有一部专门用来规范物流产业和行业发展方面的法律，甚至在相关法律中也很难找到物流业的具体条款，使行业和企业的合法权益不能得到有效保护。